根据传说，能收集到七颗浑沌宝石就能获得强大的力量，邪恶天才科学家-蛋头博士企图利用这股力量统治世界，但超音速刺猬音速小子却总是破坏他的计划。在一次的对决中，音速小子把蛋头博士的机器弄坏了，而蛋头博士在混乱之下，不小心按到机器的开关，使得故障的机器启动了浑沌制御，造成时空扭曲，把音速小子与他的伙伴们送往另一个世界。在这个世界，音速小子认识了一名叫克里斯的少年，与之成为莫逆之交，也在克里斯的帮助下，找回失散的同伴，但蛋头博士仍无放弃征服世界的野心，再度与音速小子展开死斗。
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