《沉默》改编自著名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折，同时也是整个欧洲信仰、思想的耻辱和失败。在传教与寻访的过程中，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐惧、坚贞与隐忍、挣扎与超脱……所有的两难情境都面临了，逼迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思索，最终，他彷佛也走过一趟恩师的心路历程，拥有自己对信仰的诠释与实践。
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